Ο Aγιος Μάρκος ήταν προστάτης των Βενετών και γι' αυτό από τα πρώτα χρόνια της Βενετοκρατίας έκτισαν οι Βενετοί το ναό αυτό στην aνατολική πλευρά της πλατείας Ελευθερίου Βενιζέλου, απέναντι ακριβώς από την Κρήνη Μοροζίνι. Ο ναός άρχισε να κτίζεται το 1239. Ήταν τρίκλιτη, ξυλόστεγη βασιλική, με το μεσαίο κλίτος ψηλότερο από τα άλλα. Χαρακτηριστικό ήταν το κωδωνοστάσιο με ρολόι (αντίγραφο του κωδωνοστασίου του Αγίου Μάρκου της Βενετίας), που στην κορυφή του κυμάτιζε η φλογοφόρος σημαία του Αγίου Μάρκου. Οι καμπάνες χτυπούσαν κάθε πρωί, για να πάνε οι υπάλληλοι στη δουλειά τους, ενώ όμως σε καιρό πολέμου σήμαιναν συναγερμό για τους βομβαρδισμούς.
Στον Άγιο Μάρκο αναλάμβαναν τα καθήκοντά τους οι Βενετοί άρχοντες με λαμπρές τελετές. Εδώ επίσης ενταφιάζονταν οι άρχοντες των Βενετών που πέθαιναν στην Κρήτη. Έχουν ταφεί οι δούκες: Μαρίνος Μοροζίνι, Μαρίνος Γκραντένγκο και Μάρκος Κόρνερ.
Το αρχικό οικοδόμημα καταστράφηκε με το σεισμό του 1303 και ανοικοδομήθηκε. Το 1508 έπαθε πάλι μεγάλες ζημιές από το σεισμό και ξαναεπισκευάστηκε. Οι κίονές του, από πράσινη πέτρα, πιστεύεται πως προέρχονταν από ελληνορωμαϊκά μνημεία της Κνωσού.
Μετα την άλωση,ο Aγιος Μάρκος παραχωρήθηκε από τον Κιοπρουλή στον Δεφτερδάρ Αχμέτ πασά, αρχηγό των Οικονομικών και γι' αυτό κατά την Τουρκοκρατία, ήταν γνωστός με το όνομα Δεφτερδάρ τζαμί. Αμέσως κατεδάφισαν το κωδωνοστάσιο και στη θέση του ύψωσαν μιναρέ, που έπεσε με το σεισμό του 1767, όπως αναφέρεται σε τουρκικό έγγραφο του Τουρκικού Αρχείου Ηρακλείου. (Σταυρινίδης)
Οι Τούρκοι κατάστρεψαν και τις τοιχογραφίες του ναού. Μέχρι το 1915 ήταν τζαμί. Μετά την ανταλλαγή των πληθυσμών τον πήρε η Εθνική Τράπεζα ως ανταλλάξιμο και ύστερα παραχωρήθηκε στο Δήμο, το 1923, για να χτίσει στη θέση του Δημοτικό Θέατρο. Δεν έγινε όμως αυτό και ο Άγιος Μάρκος χρησιμοποιήθηκε ως κινηματογράφος με το όνομα <Μινώα>. Στην κατοχή έγινε αποθήκη τροφίμων. Το 1956, μετά από σύμβαση μεταξύ του Δήμου και της εταιρίας Κρητικών Ιστορικών Μελετών, το μνημείο, με τη βοήθεια της Αρχαιολογικής Υπηρεσίας, αποκαταστάθηκε στην αρχική του μορφή, με σκοπό να χρησιμοποιηθεί σαν αίθουσα διαλέξεων, τελετών, εκθέσεων κρητικών αγιογραφιών και για παρόμοιες πνευματικές εκδηλώσεις.
Στην αίθουσα του Αγίου Μάρκου είναι διαρκής έκθεση αντιγράφων βυζαντινών τοιχογραφιών του 13ου και 14ου αιώνα από την Παναγιά της Κριτσάς Μεραμπέλου, από την Γκουβερνιώτισσα των Ποταμιών, τον Αγ. Αντώνιο του Αβδού, τον Αγ. Ιωάννη του Αγ. Βασιλείου Πεδιάδας και από την Αγία Πελαγία της Βιάννου. Σήμερα χρησιμοποιείται κυρίως ως Δημοτική Πινακοθήκη.
Αναστασάκης Ζαχαρίας
Κούτρας Μιχάλης
