Ιδρυτής του Αρχαιολογικού Μουσείου Ηρακλείου είναι ο "Φιλεκπαιδευτικός Σύλλογος", που ίδρυσαν μερικοί προοδευτικοί Ηρακλειώτες το 1878. Το 1883 ο πρόεδρος του Συλλόγου Ιωσήφ Χατζηδάκης, γιατρός, περιέλαβε στον κύκλο των σκοπών του Συλλόγου την προστασία των ιστορικών και αρχαιολογικών αντικειμένων, στην οποία προστέθηκαν οι δωρεές αρχαιόφιλων, όπως του Φωτιάδη πασά, του Θεοδ. Τριφύλλη κ.ά.
Οι αρχαιότητες αυτές συγκεντρώθηκαν αρχικά σε δυο δωμάτια κοντά στον Αγ. Μηνά. Αργότερα, το 1900, όταν οι συλλογές αυξήθηκαν καταπληκτικά, γιατί είχαν αρχίσει και οι συστηματικές ανασκαφές, στεγάστηκαν σ' ένα τμήμα των τούρκικων στρατώνων (σημερινά Δικαστήρια). Μα τα αντικείμενα πολλαπλασιάζονταν αδιάκοπα και έπρεπε να βρεθεί κατάλληλο οίκημα για τη στέγασή τους. Και σαν τέτοιο θεωρήθηκε το λαμπρό βενετσιάνικο οικοδόμημα, η περίφημη Λότζα. Αφού δαπανήθηκαν αρκετά χρήματα κατάλαβαν ότι το οικοδόμημα δεν είχε την απαιτούμενη στερεότητα και το εγκατέλειψαν, αφού το κατάστρεψαν και αναγκάστηκαν να ζητήσουν αλλού οικόπεδο, για να κτιστεί νέο κτίριο. Σαν τέτοιο διάλεξαν τη θέση του Χουνκιάρ Τζαμί, της παλιάς δηλαδή μονής του Αγ. Φραγκίσκου. Την προσπάθεια της Κρητικής Πολιτείας ενίσχυσε οικονομικά και ο Gaston Anraud Jeanti.
Με σχέδια του αρχιτέκτονα Dorpfeld και του Παναγ. Καββαδία, γραμματέα της Αρχαιολογικής Εταιρίας Αθηνών, τελείωσε το 1912 η δυτική πτέρυγα του πρώτου Κρητικού Μουσείου. Αποδείχτηκε όμως με το σεισμό του 1926 το κτίριο ακατάλληλο και το σπουδαιότερο επικίνδυνο για τις αρχαιότητες που στέγαζε, γιατί δεν ήταν αντισεισμικό. Γι' αυτό αποφασίστηκε να κατεδαφιστεί και να οικοδομηθεί ένα νέο κτίριο ανάλογο προς το θησαυρό που θα στέγαζε, με όλους τους κανόνες της νέας αρχιτεκτονικής και οικοδομικής τέχνης. Τα σχέδια έγιναν από τον αρχιτέκτονα Πάτροκλο Καραντινό. Το 1937 άρχισε η οικοδόμησή του και το 1940 ήταν κιόλας τελειωμένο μεγάλο μέρος του οικοδομήματος. Ευτυχώς, γιατί με την κήρυξη του Β' Παγκοσμίου Πολέμου τα μοναδικά αρχαιολογικά ευρήματα ασφαλίστηκαν μέσα σε ασφαλή καταφύγια του κτιρίου και παρόλο που έπεσαν τριγύρω βόμβες δεν σημειώθηκαν ουσιαστικές ζημιές.
Το Αρχαιολογικό Μουσείο Ηρακλείου είναι μοναδικό στον κόσμο, γιατί περιλαμβάνει συγκεντρωμένα σχεδόν όλα τα ευρήματα του μινωικού πολιτισμού, τα οποία κατατάσσονται κυρίως στις εξής κατηγορίες:
ΚΕΡΑΜΙΚΗ: Ιδιαίτερα αξιόλογη κατηγορία αγγείων αποτελούν τα αγγεία του ρυθμού βασιλικής, τα καμαραϊκά αγγεία, τα αγγεία του φυσικού και θαλάσσιου ρυθμού, τα αγγεία του ανακτορικού ρυθμού κ.λπ.
ΛΙΘΟΓΛΥΦΙΑ: Λίθινα σκεύη, κυρίως αγγεία, κατασκευασμένα από μάρμαρο, πολύτιμους και ημιπολύτιμους λίθους. Ξεχωρίζουν αυτά που προέρχονται από τα ιερά θησαυροφυλάκια των Ανακτόρων της Κνωσού και της Ζάκρου. Ανάμεσα σ' αυτά ιδιαίτερη κατηγορία είναι τα λίθινα τελετουργικά σκεύη με ανάγλυφες παραστάσεις.
ΣΦΡΑΓΙΔΟΓΛΥΦΙΑ: Κυρίως πάνω σε ημιπολύτιμους λίθους.
ΜΙΚΡΟΓΛΥΠΤΙΚΗ: Ειδώλια, κεραμικά, λίθινα, από πολύτιμες ύλες κ.λπ.
ΧΡΥΣΟΧΟΪΑ-ΚΟΣΜΗΜΑΤΑ:
ΜΕΤΑΛΛΟΤΕΧΝΙΑ: οικιακά σκεύη, εργαλεία, όπλα, ιεροί πελέκεις.
ΤΟΙΧΟΓΡΑΦΙΕΣ: Από τα μεγάλα και μικρά ανάκτορα, τις πλούσιες επαύλεις και τα αρχοντικά σπίτια. Ξεχωριστή κατηγορία αποτελούν οι ανάγλυφες τοιχογραφίες που συνδυάζονται με χρώμα.
ΣΑΡΚΟΦΑΓΟΙ: Μοναδική είναι η λίθινη σαρκοφάγος της Αγίας Τριάδας. Τέλος, ένα μικρό τμήμα των εκθεμάτων του μουσείου αποτελούν τα ευρήματα που καλύπτουν την Ελληνιστική εποχή μέχρι τους πρωτοχριστιανικούς χρόνους.
Δαφέρμος Μενέλαος
Μαγκουφάκης Κωνσταντίνος
