Το σπουδαιότερο μνημείο της Βενετοκρατίας είναι τα νέα τείχη. Δεν υπάρχει καμιά πόλη στην Ευρώπη ούτε στην Ανατολή που να σώζει τόσο πλήρη και ακέραια τα οχυρωματικά της έργα, σαν το Ηράκλειο. Ο περίβολος των επιβλητικών τειχών, που άντεξαν για ένα τέταρτο του αιώνα σε αφάνταστα σκληρή πολιορκία του ισχυρότερου τότε στρατού του κόσμου, του τουρκικού, δίχως να κατορθώσει ο εχθρός την άλωσή του, ήταν η τελευταία λέξη της οχυρωματικής τέχνης εκείνης της εποχής. Η ανοικοδόμησή τους άρχισε το 1462 και κράτησε περισσότερο από 100 χρόνια.
Στο χτίσιμο των τειχών χρησιμοποιήθηκαν οι πέτρες των ερειπίων της Κνωσού. Η δαπάνη των
έργων βάρυνε το κεντρικό ταμείο της Βενετίας, το Ταμείο του Βασιλείου και ολόκληρο τον πληθυσμό της Κρήτης χωρίς να εξαιρεθεί ούτε ο κλήρος. Το μεγαλύτερο όμως βάρος για την ανοικοδόμηση των τειχών έπεσε στους ώμους του κρητικού λαού και μάλιστα της περιφέρειας του Χάντακα και της Ανατολικής Κρήτης. Γενεές γενεών, ένα ολόκληρο αιώνα, πρόσφεραν τον ιδρώτα και το αίμα τους χτίζοντας τα απόρθητα τείχη του Χάντακα. Από ηλικία 14 μέχρι 60 χρονών κάθε χωρικός ήταν υποχρεωμένος να κάνει κάθε χρόνο μια αγγαρεία μαζί με το ζώο του, δηλαδή να εργάζεται στα τείχη μια ολόκληρη εβδομάδα. Το υλικό για το χτίσιμό τους έπαιρναν από τα λατομεία του Κατσαμπά, μα έφερναν πέτρες κι από τα ερείπια της Κνωσού κι από το Τηγάνι της Χερσονήσου.
Ο περίβολος των τειχών έχει μήκος 3 χλμ. σε σχήμα τριγώνου με βάση τη θάλασσα. έχει 7 προμαχώνες: Τον προμαχώνα Σαμπιονέρα, όπου βρίσκεται σήμερα το 6ο Γυμνάσιο (πρώην Εμπορική Σχολή), τον προμαχώνα Βιτούρι, δίπλα στο πάρκο Γεωργιάδη, τον προμαχώνα Ιησού πάνω από την Καινούρια Πόρτα, τον προμαχώνα Μαρτινέγκο όπου ο τάφος του Καζαντζάκη, τον προμαχώνα Βηθλεέμ απέναντι από το παλιό Πανάνειο, τον προμαχώνα του Παντοκράτορα πάνω από τη Χανιώπορτα και τον προμαχώνα του Αγίου Ανδρέα στη ΒΔ άκρη του περιβόλου.
Πόρτες είχε 4: Την παλιά Πόρτα του Μόλου στο λιμάνι, που την γκρέμισαν οι ʼγγλοι το 1898, την Πόρτα του Αγίου Γεωργίου ή του Λαζαρέτο (βγαίνει στην πλατεία Ελευθερίας), την Πόρτα του Παντοκράτορα, τη γνωστή σήμερα Χανιώπορτα και στη νότια πλευρά την Πύλη Ιησού ή Καινούρια Πόρτα, γιατί ήταν η τελευταία που έγινε. Οι πύλες έκλειναν με τη δύση του ήλιου και άνοιγαν το πρωί με την ανατολή. Όσοι δεν προλάβαιναν να μπουν έγκαιρα στην πόλη διανυκτέρευαν σε ειδικά θολωτά κτίρια, συνήθως με τρεχούμενο νερό, όπως είναι του Κορώνη ο Μαγαράς στο δρόμο προς Κανλί Καστέλι και οι Κουμπέδες στο δρόμο προς Χανιά.
Το φθινόπωρο του 1669 το Μεγάλο Κάστρο της Κρήτης, η πόλη των Γραμμάτων και των Τεχνών την περίοδο της Αναγέννησης, έπεσε στην εξουσία του πιο βάρβαρου κατακτητή, απ' όσους είχαν περάσει ως τότε, ύστερα από πολιορκία 22 χρόνων. Στο διάστημα αυτό χιλιάδες κανόνια, μέσα και έξω από το απόρθητο κάστρο, αποτελούσαν τη μακάβρια ορχήστρα στο χορό του θανάτου. Εκατόν οχτώ χιλιάδες Τούρκοι είναι θαμμένοι γύρω από τα τείχη του και τριάντα χιλιάδες Χριστιανοί, Ορθόδοξοι και Καθολικοί, θυσιάστηκαν, πολεμώντας με πείσμα το νέο κατακτητή. Ο Χάντακας δεν θα υπέκυπτε στη βαρβαρική βία αν δεν παρουσιαζόταν ο προδότης Ανδρέας Μπαρότσης. Υπέκυψε, δηλαδή, με προδοσία και ήταν η επισφράγιση της καταστροφής της πολιτιστικής ανάπτυξης της Κρήτης.
